تتلخص رسالة قسم البيولوجيا البحرية في تنمية المعارف في العلوم البحرية و البيولوجيا البحرية بهدف خلق المهارات الخاصة بصيانة التنوع الحيوي وسبل تنمية الموارد الحية وكذلك مراقبة الملوثات بمختلف أنواعها وكشف تأثيراتها على الأحياء البحرية كدلائل ومؤشرات حيوية على مستوى الأفراد والجماعات والتجمعات الإحيائية